Mustafa Kemal’i Samsun’a Vahdettin gönderdi. Hükümet kararıyla, padişah fermanıyla. Ordu müfettişi olarak. Milli mücadeleyi başlatması için değil. Mondros Mütarekesi’nden sonra Anadolu’da soygun ve talan yapan müslim ve gayri müslim sivil çeteler oluşmuştu. Aralarında asker kaçakları da vardı. Karadeniz’de oluşan Türk-Müslüman ve Rum çeteleri soygun yapıyor, çatışıyorlardı.

Bir de Anadolu ordularındaki ağır silahları toplayıp kullanılamaz hale getirme görevi mütareke şartları gereğince askerlere verilmişti, ama buna uyulmuyordu.

Yani çetelerin önüne geçilsin, düzen sağlansın ve mütareke şartlarına uyulsun diye Mustafa Kemal ordu müfettişi olarak gönderilmişti.

Hükümet kararı, İstanbul’daki itilaf kuvvetlerinin şikayetleri üzerine alınmıştı. Mustafa Kemal’i İngilizler ve İtilaf kuvvetleri de uygun görmüştü. Çünkü “yaveri hazreti şehriyari (padişah yaveri)” olarak onlarca da tanınan biriydi.

Ayrıca Mustafa Kemal yenilen ve Adana’ya kadar geri çekilen Suriye cephesinden başkent İstanbul’a geldikten hemen sonra İstanbul’da kurulması için çalışılan yeni Osmanlı hükümetinde Savunma bakanı olmak istiyordu. Bu da ancak İngilizlerin başını çektikleri İtilaf kuvvetlerinin ve padişahın olurunu almakla olurdu. Bu anlamda onlarla ilişki içindeydi ve bilinen biriydi. Ancak bakan olamadı ama güven verdiği için Anadolu ordu müfettişi oldu.

Ancak Mustafa Kemal gittikten sonra Anadolu’daki yüksek rütbeli Osmanlı askerlerinin teşviki ve sıkıştırması sonucu resmi görevlerini ihmal etti, Türk-Müslüman çeteleri kayırdı. İstanbul hükümetine değil, rütbeli askerlere uydu. İtilaf’a ve hükümete şikayetler gitti. Hükümet İtilaf’ın da isteğiyle onu geri çağırdı, gitmedi, görevden alındı, o da doğudaki rütbeli askerlerin (Karabekir vs.) yanına gitti. Hepsinden daha üst rütbeli olduğundan yetkisiz olsa da komutan muamelesi gördü. Böylece hükümete ve İtilaf’a karşı mücadelenin başına geçti.