Gizlilik kararından dolayı dava dosyası hakkında bilgi edinilemeyen gözaltıyla ilgili Avukat Levent Kanat, Başkaya’nın 8 Kasım 2016 tarihinde kurucusu olduğu Özgür Üniversitenin sitesinde yayınlanan “Asıl terör devlet terörüdür” başlıklı yazısı kapsamında yapılan ihbar sonucunda gözaltına alındığını söyledi.
Başkaya’nın 1991’de yazdığı ‘Paradigmanın İflası’ kitabıyla bilgisayar ve telefonuna da el konulduğu bilgisi aktarıldı. Başkaya, ‘Paradigmanın İflası kitabından ötürü 1991’de Terörle Mücadele Yasası'na muhalefetten 20 ay hapis cezasına çarptırılarak Haymana Kapalı Cezaevinde yatmıştı.